總覽圖：卷二在《成唯識論》十卷與《唯識三十頌》中的位置
卷一以破小乘、外道所執「實我」「實法」為主軸；卷二承接其未竟的破法執段落（四相、名句文身、隨眠、無為法、離識外境等），論定「唯有識」，再以「假必依真」之詰難為轉折，正式引出《唯識三十頌》「識所變相雖無量種，而能變識類別唯三」的總標——異熟（第八識）、思量（第七識）、了境（前六識）。本卷隨即專力廣釋「初能變」，即阿賴耶識的自相、因相、果相，以及種子、熏習與行相所緣，但只解到「不可知執受、處、了」為止；頌文「常與觸、作意、受、想、思相應唯捨受，是無覆無記」以下的心所相應、三性、恒轉、阿羅漢位捨等，要留到卷三才續釋。
科判骨架：卷二如何開展
- 乙一 破不相應行法異色心實有——四相（生住異滅）、名句文身、隨眠
- 乙二 破無為法離色心實有——虛空、擇滅、非擇滅、不動、想受滅；申明五無為皆依真如假立
- 乙三 破外道餘乘所執離識實有色等，證成「唯有識」
- 乙一 舉頌總標三能變名——異熟（第八識）、思量（第七識）、了境（前六識）
- 乙二 略辨能變二種——因能變、果能變
- 乙三 廣釋初能變（阿賴耶識）
- 丙一 引頌「初阿賴耶識……阿羅漢位捨」
- 丙二 釋自相——能藏、所藏、執藏
- 丙三 釋果相——異熟
- 丙四 釋因相——一切種，廣辨種子本有始起之諍、種子六義、熏習四義
- 丙五 釋行相所緣——執受、處、了；兼明相分見分（三分、四分）、器世間誰變等；結歸「不可知」義
甲一至甲三仍屬「破邪顯正」的收尾工作，甲四才是本卷真正的重心，也是全論八識廣釋的起點。讀書會若時間有限，可以把甲一至甲三快速帶過，把主要時間留給阿賴耶識三相與種子義的部分。
重點分類：初能變阿賴耶識的三相
三相其實是同一識體的三個面向：從「攝持因果、恒被執為自我」說是自相；從「作為業感總報體」說是果相；從「執持一切法種子不失」說是因相。論主特別聲明：此處只是就阿賴耶識最偏重、最能顯示其特性之處立名，並不表示此識僅有這三種功能，也不表示異熟、能藏等名唯限於此識——阿羅漢位捨去「阿賴耶」之名，但仍有異熟識、一切種識之名，直到究竟位才轉依為無垢識，這是卷三以後才會處理的問題，此處先掌握三相的架構即可。
重點分類：種子六義與熏習四義
| 種子六義 | 內容 | 所遮、所簡 |
|---|---|---|
| 一、剎那滅 | 種子體纔生無間即滅，具勝功力，方成種子。 | 遮常法——常法無轉變，不可能有能生之用。 |
| 二、果俱有 | 與所生現行果法俱時和合，方成種子。 | 遮前後相離者——現行與種子雖異類而不相違，可一身俱時具能生用。 |
| 三、恆隨轉 | 要長時一類相續，至究竟位方成種子。 | 遮轉識——轉識易間斷，與種子自類相生之義不相應。 |
| 四、性決定 | 隨因力而感善、惡等果，功能決定，方成種子。 | 遮異性因生異性果之說。 |
| 五、待眾緣 | 要待自身眾緣和合，功能殊勝，方成種子。 | 遮外道執自然因不待眾緣即能頓生果。 |
| 六、引自果 | 色、心等法各各只能引生自類之果，方成種子。 | 遮外道執一因生一切果，或色心互為因緣之說。 |
六義說明種子「是什麼」，熏習八義（所熏四加能熏四）說明種子「如何形成與增長」，兩者要合看才完整。論中特別提醒：唯異熟識具足所熏四義，能受熏；唯七轉識及其心所具足能熏四義，能熏成種子——如來第八淨識唯帶舊種、不再受熏，佛果圓滿善法無增無減、不能為能熏，都是理解「熏習」概念邊界時不可忽略的例外。
深入辨析：種子本有始起之諍——護法如何判定正義
種子究竟是無始以來法爾本有，還是全由後天熏習而生？這是唯識學種子論中最重要的一場論諍，本卷完整保留了三家立場的往復辯難，最後由護法論師提出「二類並有」作為正義，是全論極具份量的段落。
主張一切有漏、無漏種子皆法爾本性而有，不從熏生，熏習只能使其增長，不能新生種子。引契經「一切有情無始時來有種種界，如惡叉聚，法爾而有」，又引《瑜伽師地論》「諸種子體無始時來性雖本有，而由染淨新所熏發」等文為證，並以有情本有五種性（聲聞、獨覺、如來、不定、無涅槃法者）差別，證成必有法爾種子，不可能全由熏習產生。
主張種子皆由熏習而生，所熏、能熏俱無始以來即有，故種子無始成就；種子只是「習氣」的異名，如麻沾染香氣、由花朵熏染而生，並非麻中本有香氣。引契經「諸有情心，染淨諸法所熏習故，無量種子之所積集」為證，並說無漏種子亦由「聞熏習」——聽聞正法、聞淨法界等流正法而熏習生起，非是無因而生。
論主提出：種子實有二類——一者「本有」，即無始以來異熟識中法爾而有、能生蘊處界的功能差別，名「本性住種」；二者「始起」，即無始以來由數數現行熏習而有，名「習所成種」。若唯本有，轉識與阿賴耶識之間便無法安立《攝大乘論》所說「如炷與焰展轉生燒，又如束蘆互相依住」那種展轉相生、互為因緣的關係；若唯始起，則無漏法既無因緣，應不得生，有漏種子更不可能作為無漏法之因。唯有本有、始起二類並存，因果安立才周全無礙，理、教兩方面都無相違——這正是護法論師判定的「正義」，也是後世法相唯識宗種子論的定說。
這場論諍表面上是「種子從哪裡來」的技術問題，實則牽涉眾生種性是否本來有別、無漏功德能否單憑後天熏習而生、乃至聲聞獨覺與如來種性的分判是否可轉等根本教理立場，值得讀書會放慢腳步，逐段對照三家的立宗、釋難、引證、立理。
讀書會抓法
- 先確認卷二的轉折點在哪裡。
甲一至甲三仍是卷一破法執的延續與收尾，甲四「識所變相雖無量種，而能變識類別唯三」才是全卷真正的重心所在，讀書會可以此為界，分兩次進度討論。 - 把阿賴耶識三相當作理解八識體系的骨架。
自相（能藏所藏執藏）、因相（一切種）、果相（異熟）三者其實是同一識體，日後研讀阿賴耶識的其他面向，都可以回頭對照這三相定位。 - 種子六義與熏習四義要對照著讀。
六義回答「什麼樣的功能差別才配稱作種子」，熏習八義回答「新種子如何在阿賴耶識中生長」，兩者合看才是完整的種子理論。 - 種子本有始起之諍不是文字遊戲。
護法「二類並有」的正義，關係到眾生種性是否本來有別、修行能否轉凡成聖等根本問題，建議逐一比對三家的立宗與引證，而非只記住結論。 - 留意「不可知執受、處、了」一句。
這是本卷為阿賴耶識行相所下的定性——極微細、難可了知，提醒學人不要用粗淺的意識經驗去揣測第八識的實際運作。
- 護月「唯本有」、難陀「唯始起」、護法「二類並有」三家立場，各自要解決什麼理論困難？護法的正義為何能同時安立熏習義與種性差別義？
- 論中說無漏種子「法爾本有，不從熏生，後勝進位熏令增長」，這對「一闡提、無種性者能否成佛」這類問題有什麼樣的立場暗示？
- 阿賴耶識的「執受」包括種子與有根身，「同安危」三字如何說明第八識與色身之間的關係？這和一般常識所理解的「身心」關係有何不同？
- 論中破斥「假必依真」之說，主張假必依「似事」而非依「真事」，這如何為「唯識所現」的世界觀提供理論支撐？試舉一個日常經驗中的譬喻。